ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာနကို ၁-၁၀-၁၉၇၂ ရက်နေ့တွင် စတင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။ ယခင်က သီးခြားစီရှိခဲ့သော အမြတ်ခွန်ဌာန၊ ကုန်သွယ်လုပ်ငန်းခွန်ဌာန၊ ယစ်မျိုးခွန်ဌာန၊ အောင်ဘာလေသိန်းဆုခွန်ဌာန၊ တံဆိပ်ခေါင်းခွန်ဌာန၊ အထွေထွေအုပ်ချုပ်ရေးဦးစီးဌာနမှ အခွန် ဌာနနှင့် ဘဏ္ဍာတော်မင်းကြီးရုံးတို့ ပူးပေါင်းဖွဲ့စည်းခဲ့ခြင်းဖြစ်ပါသည်။ ထိုသို့ဖွဲ့စည်းခဲ့ခြင်းမှာ ၁၉၇၄ ခုနှစ် ဖွဲ့စည်းပုံအခြေခံဥပဒေ အတည်ပြုပြီးသည့်အခါ ဖြစ်ပေါ်လာမည့် အုပ်ချုပ်ရေးစနစ်ကို ရည်ရွယ်၍ ကြိုတင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ခြင်းဖြစ်ပါသည်။ ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာန စတင်ဖွဲ့စည်းခဲ့စဉ်က  ကောက်ခံသော အခွန် (၁၀) မျိုးရှိခဲ့ပြီးပါသည်။ ထိုအခွန်များမှာ ဝင်ငွေခွန်၊ အမြတ်ခွန်၊ ကုန်သွယ်လုပ်ငန်းခွန်၊ ယစ်မျိုးခွန်၊ တံဆိပ်ခေါင်းခွန်၊ အောင်ဘာလေသိန်းဆုခွန်၊ မြေခွန်၊ ရေခွန်နှင့်တာတမံခွန်၊ အင်းအိုင်ခွန်၊ ဓာတ်သတ္တုခွန် (ရှမ်းပြည်နယ်တွင် သီးနှံခွန်) တို့ဖြစ်ပါသည်။

၁၉၈၈ ခုနှစ်မတိုင်မီက နိုင်ငံတော်သည် ဆိုရှယ်လစ်စီးပွားရေးစနစ်ကို ကျင့်သုံးခဲ့ပြီး ၁၉၈၈ ခုနှစ် နောက်ပိုင်းတွင် ဈေးကွက်စီးပွားရေးစနစ်ကို ပြောင်းလဲ ကျင့်သုံးခဲ့ပါသည်။ ခေတ်စနစ်အရ အခွန်ကောက်ခံမှုစနစ် ပိုမိုထိရောက် ကောင်းမွန်စေရန် ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာနသည် ဝင်ငွေခွန်၊ အမြတ်ခွန်၊ ကုန်သွယ်လုပ်ငန်းခွန်၊ တံဆိပ်ခေါင်းခွန်၊ အောင်ဘာလေသိန်းဆုခွန် (၅) မျိုး သာကောက်ခံခဲ့ပြီး မြေခွန်၊ ရေခွန်နှင့်တာတမံခွန်၊ ယစ်မျိုးခွန်၊ ဓာတ်သတ္တုခွန်တို့ကို အထွေထွေအုပ်ချုပ်ရေးဦးစီးဌာနသို့လည်းကောင်း၊ အင်းအိုင်ခွန်ကို ငါးလုပ်ငန်းဦးစီးဌာနသို့ လည်းကောင်း ၁-၄-၁၉၈၉ နေ့တွင် လွှဲပြောင်းပေးခဲ့ပါသည်။

ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာနသည် အစိုးရအမျိုးမျိုး၊ ခေတ်ကာလအမျိုးမျိုး၊ စီးပွားရေး စနစ်အမျိုးမျိုးကိုတွေ့ကြုံ ဖြတ်သန်းခဲ့ရာတွင် ခေတ်စနစ်မည်သို့ပင် ပြောင်းလဲစေကာမူ ခေတ်စနစ် နှင့်လျော်ညီသော အခွန်အကောက်စနစ် ဖြစ်ထွန်းပေါ်ပေါက်ရေးအတွက် အစဉ်ကြိုးပမ်း ဆောင်ရွက်ခဲ့ပါသည်။ ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာန မဖွဲ့စည်းမီ မြန်မာ ဘုရင်ခေတ်၊ ကိုလိုနီခေတ်၊ ဂျပန်ခေတ်၊ စစ်ပြီးခေတ် (လွတ်လပ်ရေးမရမီ)၊ လွတ်လပ်ရေးရပြီးခေတ်၊ တော်လှန်ရေး ကောင်စီခေတ်၊ ဆိုရှယ်လစ်ခေတ်၊ နိုင်ငံတော်ငြိမ်ဝပ်ပိပြားမှုတည်ဆောက်ရေးအဖွဲ့နှင့် နိုင်ငံတော် အေးချမ်းသာယာရေးနှင့် ဖွံ့ဖြိုးရေးကောင်စီခေတ်တို့တွင်  အခွန်ဆိုင်ရာဥပဒေများကို ခေတ်ကာလ နှင့်လျော်ညီစွာ ပြင်ဆင်ပြဋ္ဌာန်းကောက်ခံခဲ့ပါသည်။

ယခုအခါ ၂၀၀၈ ခုနှစ်၊ ဖွဲ့စည်းပုံအခြေခံဥပဒေအရ ပြည်သူတို့ကရွေးချယ် တင်မြောက်သော ပြည်သူ့ကိုယ်စားလှယ်များပါဝင်သည့် ပြည်ထောင်စုအစိုးရခေတ်တွင် ဒီမိုကရေစီစနစ်ထွန်ကားရေး အတွက် နိုင်ငံရေး၊ စီးပွားရေးပြုပြင်ပြောင်းလဲမှုများကို အလေးထားဆောင်ရွက်လျှက်ရှိပါသည်။ ထိုသို့ပြည်ထောင်စုအစိုးရမှ ပြုပြင်ပြောင်းလဲမှုလုပ်ငန်းများ ကြိုးပမ်းဆောင်ရွက်နေချိန်တွင် ပြည်တွင်းအခွန်များဦးစီးဌာနအနေဖြင့်လည်း မူဝါဒ၊ ရည်မှန်းချက်၊ မဟာဗျူဟာ၊ နည်းဗျူဟာ များချမှတ်၍ အခွန်ဆိုင်ရာပြုပြင် ပြောင်းလဲမှုများဆောင်ရွက်လျက်ရှိပါသည်။